Kabupaten Boalemo dengan ibu kota, Tilamuta, merupakan kabupaten baru, sebagai hasil pemekaran Kabupaten Gorontalo pada tahun 1999. Kabupaten Boalemo dibentuk pada tanggal 12 Oktober 1999 berdasarkan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 1999, yang telah diubah dengan Undang – Undang Nomor 10 Tahun 2000 tentang Pembentukan Kabupaten Boalemo.
Pada tahun 2001 beberapa kecamatan di Kabupaten Boalemo dimekarkan sehingga jumlah kecamatan yang semula hanya 5, telah menjadi 10 kecamatan, yakni ketambahan 5 kecamatan baru hasil pemekaran, yaitu:
1. Dulupi (pemekaran Tilamuta),
2. Lemito (pemekaran Popayato),
3. Mananggu (pemekaran Paguat),
4. Randangan (pemekaran Marisa), dan
5. Wonosari (pemekaran Paguyaman).
Pada awal tahun 2003, Kabupaten Boalemo dimekarkan menjadi dua kabupaten, yaitu (1) Boalemo dengan ibu kota Tilamuta (induk) dan (2) Pohuwato dengan ibu kota Marisa (hasil pemekaran). Lima kecamatan, yaitu Dulupi, Mananggu, Paguyaman, Tilamuta, dan Wonosari masuk wilayah Kabupaten Boalemo, sedangkan lima kecamatan lainnya, masing-masing Lemito, Marisa, Paguat, Popayato, dan Randangan masuk menjadi wilayah Kabupaten Pohuwato.
Setelah itu, beberapa kecamatan di Kabupaten Boalemo dimekarkan, sehingga lahirlah dua kecamatan baru, yaitu (1) Botumoito (pecahan dari Kecamatan Tilamuta) dan (2) Kecamatan Paguyamanpantai (pecahan dari Kecamatan Paguyaman).
Kabupaten Boalemo terletak pada posisi di antara 00 derajat 24’04”–01 derajat 02’30” Lintang Utara (LU) dan 120 derajat 08’04” – 122 derajat 33’33” Bujur Timur (BT) dengan batas-batas:
* Utara: Laut Sulawesi,
* Timur: Kabupaten Gorontalo,
* Selatan: Teluk Tomini, dan
* Barat: Kabupaten Parigi Moutong, Sulawesi Tengah.