Berdasarkan Undang-Undang Dasar 1945 Pasal 23G dan Undang-Undang No.15 Tahun 2006 tentang Badan Pemeriksa Keuangan yang menyatakan bahwa Badan Pemeriksa Keuangan berkedudukan di Ibukota Negara dan memiliki perwakilan di setiap provinsi. Dengan semakin meningkatnya ruang lingkup pemeriksaan dan untuk meningkatkan mutu hasil pemeriksaan serta untuk memperkuat peran dan kinerja BPK sebagai satu-satunya lembaga pemeriksa di Indonesia, maka BPK membuka perwakilannya di tiap provinsi.
BPK melakukan pembukaan kantor perwakilan di tiap provinsi yang salah satunya adalah BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo. Provinsi Gorontalo sebelumnya termasuk dalam wilayah pemeriksaan Perwakilan VII BPK di Makassar. BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo didirikan berdasarkan Surat Keputusan BPK Nomor 39/K/I-VIII.37/7/2007 tanggal 13 Juli 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pelaksana Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia, dengan nama Perwakilan BPK RI di Gorontalo.
BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo adalah salah satu unsur pelaksana BPK yang berada di bawah Auditorat Utama Keuangan Negara VI (AKN VI) dan bertanggung jawab kepada Anggota VI BPK melalui Auditor Utama Keuangan Negara VI (Tortama VI). BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo dipimpin oleh seorang Kepala Perwakilan.
BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo mempunyai tugas memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Gorontalo, Kota/Kabupaten di Provinsi Gorontalo, serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN.
Kepala Perwakilan BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo yang pertama adalah Tri Heriadi, S.H., M.M. yang menjabat sejak BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo terbentuk sampai dengan awal Tahun 2010. Semula BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo menempati gedung milik Pemerintah Kabupaten Gorontalo di Jl. Ahmad Yani No.6 Limboto, Kabupaten Gorontalo. Selanjutnya pembangunan gedung Kantor Perwakilan BPK Provinsi Gorontalo terletak di Jalan Tinaloga Nomor 3 dimulai sejak Tahun 2009 s.d 2010. Pada awal Tahun 2011, demi kelancaran tugas dan fungsi BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo maka kegiatan operasional kantor dipindahkan ke gedung kantor tersebut.
Peresmian Kantor BPK Perwakilan Provinsi Gorontalo dilaksanakan pada hari Jumat, tanggal 8 Juni 2012 oleh Ketua BPK RI Drs. Hadi Poernomo, Ak dengan disaksikan oleh Anggota I BPK RI Moermahadi Soerja Djanegara, S.E., Ak., M.M., CPA, Sekretaris Jenderal BPK Hendar Ristriawan, S.H., M.H., Auditor Utama Keuangan Negara IV Abdul Latief, S.E., M.M., Kepala Perwakilan BPK RI Provinsi Gorontalo Efdinal, S.E., M.M., para Kepala Daerah dan Ketua DPRD di wilayah Provinsi Gorontalo, dan para undangan dari berbagai instansi pemerintah.